Comme toute association régie selon la loi du 1er juillet 1901, l'organisme de gestion est doté d'organes de délibération et d'administration. De plus, le statut de l’Enseignement catholique précise quelques aspects de ce fonctionnement : collaboration avec le chef d’établissement, lien avec l’autorité de tutelle, …(articles 139 à 142)
L’organe de délibération est l’assemblée générale ordinaire qui doit être réunie une fois par an, dans les six mois de la clôture de l'exercice ; y sont convoqués tous les membres de l'association. Elle comporte obligatoirement la discussion et le vote du rapport d'activité et du rapport financier. Elle procède aux élections ou réélections des membres du conseil d'administration.
Elle examine et vote le budget, détermine les orientations. Elle donne mandat ou non au conseil d'administration pour contracter des emprunts ou des ouvertures de crédit. Elle donne quitus aux administrateurs pour leur gestion. Une assemblée générale extraordinaire est convoquée obligatoirement en cas de dissolution et de modification des statuts. Attention les conditions de quorum doivent être précisées dans les statuts.